十三经是由汉朝的五经逐渐发展而来的，最终形成于南宋。
汉朝：五经
汉朝时，以《易》、《诗》、《书》、《礼》、《春秋》为“五经”，立于学官。
唐朝：九经
唐朝时，《春秋》分为“三传”，即《左传》、《公羊传》、《谷梁传》；《礼经》分为“三礼”，即《周礼》、《仪礼》、《礼记》。这六部书再加上《易》、《书》、《诗》，并称为“九经”，也立于学官，用于开科取士。
晚唐：十二经
唐文宗开成年间，在国子学刻石，内容除了“九经”之外，还加上了《论语》、《尔雅》、《孝经》。
五代：十一经（收入《孟子》）
五代十国时后蜀国主孟昶刻“十一经”，收入《孟子》，而排除《孝经》、《尔雅》。
南宋：十三经正式形成
南宋时《孟子》正式成为“经”，和《论语》、《尔雅》、《孝经》一起，加上原来的“九经”，构成“十三经”。